Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi MADANI merupakan wujud perubahan status dari Akademi Akuntansi Balikpapan (AAB) yang berdiri pada tahun 1995 dengan hanya satu program studi yaitu Akuntansi untuk jenjang Diploma Tiga (D-3) sesuai dengan S.K. DIKTI Nomor : 042/D/0/1995 Tanggal 16 Mei 1995 dan diperbaharui melalui S.K. Nomor : 839/D/T/2008 Tanggal 13 Maret 2008.

Sejalan dengan permintaan akan tenaga akuntansi tingkat pemula/pratama, maka pada tahun 1998 dibuka pula jenjang Diploma Satu (D-1) berdasarkan S.K. DIKTI Nomor : 105/DIKTI/Kep/1998 Tanggal 1 April 1998. Kedua program tersebut dibuka untuk kelas pagi dan kelas malam.

Berdasarkan penilaian dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan surat Nomor : 607/Ak-VI/Dpl-III-010/AAPAKT/IX/2006 Tanggal 1 September 2006 Akademi Akuntansi Balikpapan saat itu mendapat“AKREDITASI B”�untuk program Diploma Tiga (D-3) dan sekaligus mengukuhkan diri sebagai�Kampus Pertama Ter-AKREDITASI “B” di Balikpapan. Dari predikat tersebut tentu saja banyak perusahaan swasta/instansi pemerintah yang lebih memprioritaskan lulusan dari Akademi Akuntansi Balikpapan.

Selanjutnya dengan ijin penyelenggaraan berdasarkan S.K. Mendiknas Republik Indonesia Nomor : 266/D/O/2008 Tanggal 31 Desember 2008 status Akademi Akuntansi Balikpapan (AAB) ditingkatkan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) MADANI Balikpapan.

Melalui surat Koordinator Perguruan Tinggi Swasta Wilayah XI telah dilakukan perpanjangan ijin program studi masing-masing :

1. Program Studi Diploma 3 (D-3) Akuntansi berdasarkan surat nomor : 7077/D/T/K-XI/2011 tanggal 19 Mei 2011 yang berlaku sampai dengan 29 Juni 2017.
2. Program Studi Strata 1 (S-1) Akuntansi berdasarkan surat nomor : 7427/D/T/K-XI/2011 tanggal 18 Juni 2011 yang berlaku sampai dengan 01 Desember 2021.
3. Program Studi Strata 1 (S-1) Manajemen berdasarkan surat nomor : 7428/D/T/K-XI/2011 tanggal 18 Juni 2011 yang berlaku sampai dengan 31 Mei 2017.

STIE MADANI Balikpapan berada di bawah naungan Yayasan Abdi Masyarakat Madani (YAMM). Pengelolaan STIE MADANI dilaksanakan oleh Badan Pelaksana Harian (BPH) dan Ketua STIE MADANI yang diangkat oleh Yayasan. Dalam melaksanakan tugasnya, Ketua STIE MADANI dibantu oleh Pembantu Ketua, Ketua Jurusan, Unit Pelaksana Teknis.

Saat ini STIE MADANI Balikpapan telah menyelenggarakan 3 (tiga) jenjang pendidikan yaitu :

1. Jenjang Pendidikan�Strata Satu (S-1)�dengan dua Program Studi :
   a.Program Studi Akuntansi
   b.Program Studi Manajemen.
2. Jenjang Pendidikan�Diploma Tiga (D-3)�dengan satu Program Studi yaitu Program Studi Akuntansi dengan status Terakreditasi.